IMHO: Vertrag - это когда речь идет о договоре вообще, как сделке, отсюда вытекает самостоятельное употребление этого слова, без сочетания с какими-либо определяющими его словами, Vereinbarung - это когда имеется в виду какой-то конкретный тип договора, например, Verkauf und Kaufvertrag, Lizenzvertrag, и т.