Sowohl die Consensus- als auch die Pan-PCR folgen demselben Routineverfahren. Der Hauptunterschied zwischen Consensus-PCR und Pan-PCR basiert jedoch auf den Primerzielen, die jedes Verfahren verwendet. Während die Konsensus-PCR immer auf konservierte Regionen abzielt, zielt eine Pan-PCR auf variable Regionen ab, um verschiedene Stämme einer Gruppe zu identifizieren.